本发明属于动物分子遗传标记制备技术领域，具体涉及一种用CISH基因预示和鉴定仔猪腹泻的分子标记的检测方法和应用。仔猪腹泻是养猪生产中的常见疾病，是困扰世界养猪业的主要疾病之一。患有腹泻病的仔猪饲料报酬率低，生长效率下降，生长发育停滞，给养猪业造成巨大的经济损失。利用分子遗传学方法和技术，选育出具有抗腹泻能力的抗病新品系(种)将是解决该问题的最佳方法。本发明将该分子标记作为猪抗腹泻遗传改良的应用，以解决目前鉴定的分子标记无法满足抗病育种的需要的问题。