本发明利用物理和化学及生物技术相结合，从水酶法水解液中同步提取大豆皂苷和大豆异黄酮，采用挤压膨化技术-微波加热技术相结合，有效的破坏了细胞的结构，从而有利于细胞内有效成分的释放，提高产物得率；利用膜技术和吸附树脂技术相结合，对大豆异黄酮和大豆皂苷进行精制，得到纯度高的两种产品。本工艺所需要的设备简单、操作安全、可同步得到两种产品，可进行连续化生产多种产品，具有显著的经济效益、环境效益和社会效益。本发明首次将挤压膨化-微波加热技术-膜技术-树脂吸附技术相结合，同步提取大豆中的有效成分，大豆异黄酮提取率可达98.34%，大豆皂苷提取率可达98.54%。