本发明的目的是要解决现有严寒地区地下水处理方法存在铁锰去除率低、去除成本高的问题，提供一种低温条件生物同步去除地下饮用水中高铁高锰的处理方法。本方法兼顾技术实施与环境效益，首次采用成本低、资源丰富、使用寿命较长、利用效率低的稻壳为原料，以碳化稻壳颗粒作为生物固定化材料，实现合理有效的资源化利用。选用巨大芽孢杆菌(Bacillusmegaterium)作为铁锰氧化菌使用，该菌种活性强、培养费用低、驯化时间短，自制的生物同步去除高铁高锰装置机械化程度高，易于管理及维修，操作方便，可稳定控制滤速及反冲洗强度，精度高，出水水质均达到国家生活饮用水卫生标准。