CAPS分子标记是以酶切位点单碱基突变产生多态性的分子标记，以其分布范围广泛、变异稳定成为基因定位及分子生物学研究的新一代标记，CAPS标记操作简便，结果易于观测且在相同物种间具有普遍适用性。本发明获得的CAPS分子标记，在不同的果肉颜色的西瓜材料中可以进行很好的区分，通过对分子标记所在染色体附近序列进行Blast比对的结果可知，该标记与西瓜番茄红素β-环化酶紧密连锁，因此，本发明获得了一个可以高效区分不同西瓜果肉番茄红色有无的分子标记，为今后西瓜番茄红素相关主效基因的定位奠定基础。